Anche se la Parrocchia della Bonacina fu eretta solo nel secolo scorso, in realtà la presenza del Cristianesimo in questo rione è antichissima.
Dagli scritti di Arsenio Mastalli sappiamo che, sin dal XI secolo a Bonacina esisteva la Cappella della Madonna della Pietà.
Nella seconda metà del 1400 la cappella venne ampliata per renderla più vicina ai bisogni del paese. Sorse così l’ Oratorio di San Bernardino.
Nei primi anni del ‘900 il Parroco di Olate, Don Angelo Scatti, incontrava i capifamiglia di Bonacina con l’ intento di costruire una “nuova Chiesa capace di 800 persone nella quale sarebbero confluiti anche i fedeli di Cavagna, Versasio e Movedo; anzi doveva avere le caratteristiche di una parrocchiale, dato che la maggior parte della sua gente abitava non a Olate, ma a Bonacina”.
I primi lavori di costruzione della nuova Chiesa di Bonacina iniziarono nel 1908 su indicazioni del comitato Pro Nuova Chiesa formato oltre che dal Parroco di Olate, dai più rappresentativi capifamiglia di Bonacina: Paolo e Antonio Piloni, Primo Galbussera, Giuseppe Cima, Pacifico Cortenova. Progettista fu scelto l’ ingegner Bernardo Sironi di Germanedo.
Durante la visita pastorale del 7 Ottobre 1912, il Cardinal Ferrari pose la prima pietra della Nuova Chiesa.
Il 23 febbraio 1916 l’arcivescovo emanava il decreto per la dedicazione della chiesa al Sacro Cuore e a S.Bernardino.
Il 18 marzo 1917 il prevosto mons. Luigi Vismara benediceva solennemente la nuova chiesa di Bonacina.
Nel 1922 iniziarono i lavori per la costruzione della casa adiacente la chiesa destinata al coadiutore.Il 3 giugno 1925 il Cardinale Tosi emanava il decreto di distacco da Olate : nasceva sulla carta la Parrocchia della Bonacina.
L’ istruttoria per ufficializzarne la nascita fu lunga e difficile, infatti rimaneva aperto il problema del territorio da attribuire alla nuova parrocchia; anche per la denominazione si ebbero dei disguidi, al punto che sugli atti ufficiali da S.Bernardino si trasformò in S.Sebastiano, denominazione poi corretta prima della conferma statale.
Nonostante ciò il 25 Febbraio 1926 la parrocchia era costituita dal punto di vista ecclesiastico, anche se si dovette attendere il 15 gennaio 1928 per ricevere la conferma regia.Il 2 maggio 1928 don Guido Borroni fu in curia investito della parrocchia
